黃小石出生於重慶，戰後隨父母先後定居台灣。1958年中學畢業保送台灣大學物理系，1962年畢業。大學時期深入思考信仰問題。1964在康乃爾大學唸研究院時受洗成為基督徒，1969年獲得物理學博士學位，其後擔任若歌大學（Rutgers University）物理系助理教授（1969-73）。此後又先後出任匹茲堡大學訪問學者（1973-76）、艾克桑石油公司（Exxon Research & Engineering Company）液態物理企劃主管（1976-1998）。退休後出任普林斯頓大學資深研究員及博導（指導博士論文 1998-2009），此後擔任普林斯頓神學院訪問學者三年。
黃小石曾在專業期刊與書籍發表論文169篇、並獲得5項專利。黃曾獲德國普朗克研究獎（Max Planck Research Prize, 1990）、並獲選為美國物理學會會士（Fellow）。中文著作有《真理的追尋》、《苦難的尋思》、《愛的真相》、《善惡的省思》、《生命的追尋》、《信的真諦》、《天河拾貝》、《實存的真象》、《盼望》、《恩典的歲月》、《上帝與物理》、《浮生．拾穗》、《聖靈的果子》、《無神論的再思》、《答非所問》、《樹下的尋思》等書，現為新澤西州《漢新》月刊、 香港《角聲》月報專欄作者。
黃長老目前在新澤西州的若歌教會事奉，現任教會長執會主席，是若歌教會創始會員之一 。黃長老與妻吳期馨博士育有子女三人，都已成家立業，目前有孫兒女八人。
一家十六口
